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肠道集聚性大肠杆菌基因组脱氧核糖核酸提取措施比力与改善(二)

时间:2010-12-5 17:23:32  作者:百科   来源:焦点  查看:  评论:0
内容摘要:3合成与品评辩说3.1差距试剂盒对于集聚性大肠杆菌基因组的提取下场分说罗致1 mL哺育住宿的集聚性大肠杆菌菌悬液,凭证4种细菌基因组提取试剂盒提供的尺度措施提取集聚性大肠杆菌基因组,差距试剂盒分说提取

3合成与品评辩说

3.1差距试剂盒对于集聚性大肠杆菌基因组的肠道肠杆措施提取下场

分说罗致1 mL哺育住宿的集聚性大肠杆菌菌悬液,凭证4种细菌基因组提取试剂盒提供的集聚菌基尺度措施提取集聚性大肠杆菌基因组,差距试剂盒分说提取的因组集聚性大肠杆菌基因组纯度及浓度见表4。基因组品质浓度在10.8~30.4 mg/L,脱氧提天根试剂盒提取的核糖核酸基因组DNA的品质浓度最低,惟独10.8mg/L;宝生物试剂盒提取的比力品质浓度最高,但也仅为30.4 mg/L。改善纯挚的肠道肠杆措施基因组DNA的260 nm处的吸光度A260与280 nm处的吸光度A280的比值1.8,较纯挚的集聚菌基基因组DNA的A260与230 nm处的吸光度A230的比值大于2.0,所提取的因组基因组DNA的A260/A280的值小于1.66,可能样品有卵白质传染;A260/A230的脱氧提值小于1.12,预料基因组DNA样品可能含有有机试剂或者盐离子等传染物。核糖核酸

表4

琼脂糖凝胶电泳检测服从如图1所示。比力4种试剂盒所提取的改善基因组条带残缺性精采,无核糖核酸(RNA)传染,肠道肠杆措施可是用4种措施所提取的基因组的浓度均较低。制备核酸尺度样品时前期的基因组样品提取使命将破费大批的资源,为后退产率,需要对于提取步骤妨碍需要的优化。从运用4种试剂盒提取EAEC基因组DNA的提取使命耗时由短到长的挨次是宝生物、天根、全式金、OMEGA,其中OMEGA试剂盒提取历程耗时最长,天根试剂盒提取浓渡过低。从试剂盒购卖价钱思考,OMEGA试剂盒(50次)破费648.00元,而天根试剂盒(50次)破费420.00元;可是该试剂盒需自备RNase A,总用度合计720.00元,在4种试剂盒中价钱最高,因此,后续钻研将对于宝生物试剂盒及全式金试剂盒尺度提取措施妨碍优化。

图1上

图1下

3.2宝生物试剂盒提取集聚性大肠杆菌基因组措施优化

运用宝生物试剂盒尺度提取措施中的革兰氏阴性菌提取措施,而且削减了对于菌悬液的处置历程。取1 mL哺育住宿的EAEC菌悬液,离心分说弃上清后退出500µL的Buffer BS试剂,退出溶菌酶至终品质浓度为2 g/L。在第一步的质料处置时退出卵白酶K后在56℃的孵育光阴由原本的30 min缩短至40 min。

优化后宝生物试剂盒提取的EAEC基因组的纯度及浓度见表5。优化后宝生物试剂盒提取的EAEC基因组的品质浓度为34.1 mg/L,与优化前的提取品质浓度30.4mg/L比照,浓度后退较少,提取历程耗时较优化前削减了1.5 h,基因组A260/A280及A260/A230的值低于优化前。电泳合乐成果如图2所示。可能看出,优化后提取的基因组条带清晰,无RNA传染,剖析优化后提取基因组下场未能抵达快捷提取大批高品质基因组的目的。

表5

图2

申明:本文所用图片、翰墨源头《济南大学学报》第35卷第2期,版权归原作者所有。如波及作品内容、版权等下场,请与本网分割

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